Le milieu canadien de la recherche collabore pour accroître la réutilisation des logiciels et accélérer la découverte
OTTAWA, 15 oct. 2018 (GLOBE NEWSWIRE) — CANARIE, un des piliers de l’infrastructure numérique qui sous-tend la recherche, l’éducation et l’innovation au Canada, a dévoilé aujourd’hui les vingt équipes qui recevront des fonds dans le cadre de son programme Logiciels de recherche, consécutivement à l’appel à projets annoncé à la fin de 2017. Grâce à ces fonds, ces équipes en sciences appliquées et en sciences sociales adapteront leurs plateformes de recherche pour que d’autres équipes, œuvrant dans des disciplines différentes, puissent s’en servir. Partout au pays, de nouvelles équipes de recherche pourront donc recourir à des logiciels développés antérieurement au moyen du soutien financier de CANARIE pour réaliser plus rapidement des découvertes.
Qu’est-ce qu’une plateforme de recherche?
Par « plateforme de recherche », on entend une application logicielle qui prend en charge la plupart des tâches associées à un projet (collecte, traitement, visualisation et stockage des données). L’expérience dans le financement de tels logiciels acquise par CANARIE durant la dernière décennie montre que la méthode scientifique reste la même d’un projet et d’un domaine à l’autre. L’organisme a donc modernisé son approche de manière à investir dans des outils que pourront réutiliser de nombreuses équipes scientifiques.
La somme investie provient des 105 millions de dollars que le gouvernement canadien a débloqués pour financer les activités de CANARIE.
Citations
« Dorénavant, les chercheurs partageront plus facilement leurs données entre eux, où qu’ils soient au Canada. Notre pays est à la fine pointe de la science dans plusieurs domaines. En dotant les scientifiques de logiciels qui rendront la recherche plus accessible, plus ouverte et plus transparente, nous leur procurons les meilleurs outils possibles pour qu’ils réalisent de nouvelles découvertes », a déclaré l’honorable Kirsty Duncan, ministre des Sciences et des Sports.
« Le recyclage des logiciels fait en sorte que les subventions destinées à la recherche servent précisément à cela, à la recherche, plutôt qu’au développement, au perfectionnement et au maintien de logiciels », a déclaré Mark Wolff, directeur de la technologie de CANARIE. « L’usage judicieux des fonds consacrés à la recherche aidera le Canada à devenir un chef de file en science et en innovation. »
Capsules
- Avec son budget de 2018, le gouvernement injectera 572,5 millions de dollars en cinq ans dans une stratégie pour l’infrastructure de recherche numérique, dont 52 millions de façon récurrente.
- La raison d’être de CANARIE est de faire progresser l’infrastructure canadienne du savoir et de l’innovation sans laquelle le Canada ne pourrait être le chef de file qu’il est devenu dans une économie mondiale fondée sur les connaissances.
Équipes lauréates
Les projets retenus, décrits ci-dessous, verront l’évolution de la plateforme de recherche correspondante afin que de nouvelles équipes scientifiques puissent s’en servir.
3D Slicer – piloté par Gabor Fichtinger, Université Queen’s
Cette plateforme aux multiples fonctions est conçue pour faciliter l’analyse et la visualisation des images 3D, principalement en biomédecine.
Évolution du logiciel : 3D Slicer facilitera la recherche en radiothérapie guidée par l’image, une technique employée dans plus de la moitié des cas en oncologie.
Plateforme de recherche pour les produits de données en océanographie définis par l’utilisateur – piloté par Maia Hoeberechts, Ocean Networks Canada (ONC)
Grâce à cette plateforme, les chercheurs pourront consulter, partager, tester et manipuler les données des réseaux câblés d’exploration de l’océan, constitués de capteurs sous-marins produisant constamment des données à haute résolution sur l’environnement marin, presque en temps réel.
Évolution du logiciel : On perfectionnera la plateforme pour y ajouter des « tableaux de bord » personnalisés avec lesquels les chercheurs pourront modifier les pages Web illustrant des flux de données précis. Cette fonction facilitera l’analyse des données en temps réel, la prise de décisions s’appuyant sur des données scientifiques, l’affichage public des données et une meilleure surveillance de l’état ainsi que du fonctionnement de l’équipement par les fabricants et les ingénieurs.
Atlascine – piloté par Sébastien Caquard, Université Concordia
Cette plateforme transforme les fichiers textuels, sonores et visuels d’un récit (la vie des réfugiés, par exemple) en cartes novatrices qui illustrent les lieux importants mentionnés dans le récit.
Évolution du logiciel : Atlascine autorisera l’interaction entre le récit et sa représentation cartographique avec le développement d’un outil de saisie des données qui synchronisera les cartes, les vidéos, les transcriptions de texte et les fichiers audio.
Simulation et optimisation des bâtiments et des systèmes énergétiques, et plateforme de modélisation auxiliaire (BESOS) – piloté par Ralph Evins, Université de Victoria
Ce regroupement de modules permettra de simuler et d’optimiser les bâtiments et les systèmes d’énergie urbains en englobant les micro-réseaux d’électricité, le chauffage local et les énergies renouvelables.
Évolution du logiciel : Pour que d’autres équipes de recherche exploitent mieux les flux de production, la plateforme holistique de simulation des systèmes d’énergie urbains (HUES) deviendra la plateforme BESOS. On en profitera pour perfectionner certains modules en vue d’une meilleure interopérabilité et d’une intégration plus facile.
Canadian Writing Research Collaboratory (CWRC) – piloté par Susan Brown, Université de Guelph
Cette plateforme de recherche en ligne permettra aux chercheurs en littérature et dans des domaines culturels connexes de développer, d’analyser et de publier les résultats de leurs travaux et les sources dont ils se sont inspirés.
Évolution du logiciel : On perfectionnera le CWRC pour améliorer ses composantes chronologique et cartographique, autoriser la visualisation des sources et faciliter la prise en charge des publications numériques.
CBRAIN – piloté par Alan Evans, Université McGill
Cette plateforme de recherche Web mettant l’accent sur la collaboration en neuro-imagerie assure un accès transparent aux données et aux ressources informatiques disponibles au Canada et ailleurs dans le monde.
Évolution du logiciel : Trois nouveaux flux de production seront intégrés à la plateforme pour faciliter diverses recherches électro/magnéto-encéphalographiques (EEG/MEG) en neurologie.
CloudUAV – piloté par Greg McDermid, Université de Calgary
Cette plateforme de recherche en nuage harmonise les flux de production sur les véhicules aériens sans pilote (aussi appelés drones) en vue de leur utilisation pour diverses applications scientifiques – de l’élaboration des plans de vol et de l’acquisition des données au traitement, à la diffusion et au partage de ces dernières.
Évolution du logiciel : Les drones ont des applications scientifiques dans maintes disciplines et industries. Grâce à ce projet, CloudUAV supportera mieux les applications qui accroitront l’efficacité dans les secteurs des mines, de la foresterie et du bâtiment.
Plateforme d’analyse en génétique et en génomique (GenAP) – piloté par Pierre-Étienne Jacques, Université de Sherbrooke
Cette plateforme, destinée aux chercheurs en sciences de la vie, a été conçue pour faciliter les analyses en bio-informatique ainsi que le traitement et le partage des données.
Évolution du logiciel : Le portail GenAP sera amélioré pour que les utilisateurs puissent créer et lancer leurs propres outils et méthodes d’analyse en vue du traitement, du partage et de la visualisation des données.
Cyberinfrastructure géospatiale pour la détection en environnement (GeoCENS) – piloté par Steve Liang, SensorUp Inc.
Cette plateforme ouverte et intégrée permet de connecter entre eux les détecteurs de l’Internet des objets (IdO), les données et les applications Web, ce qui facilitera les recherches sur le changement climatique, la sécurité alimentaire, les réserves d’eau souterraine et l’écologie.
Évolution du logiciel : La plateforme GeoCENS sera modifiée pour faciliter la recherche sur la surveillance dans les villes et autorisera la collecte ainsi que l’analyse en temps réel des données sur la qualité de l’air local venant des quatre coins du Canada.
Outil de recherche de source ouverte sur les systèmes à N-fermions (HORTON) – piloté par Paul Ayers, Université McMaster
Cette plateforme teste de nouveaux concepts en chimie quantique et en physique nucléaire.
Évolution du logiciel : De nouveaux modèle de mécanique quantique seront ajoutés à la plateforme avec des outils permettant d’interpréter la structure et la réactivité des molécules.
iEnvironment++ - piloté par Don Cowan, Université de Waterloo
Cette plateforme facilite l’étude de l’environnement et la recherche en génie sur les eaux superficielles en permettant aux scientifiques de consulter et de partager aisément les jeux de données sur l’environnement ainsi que les façons de les présenter. Elle concourt aussi à l’élaboration de pratiques exemplaires au moyen d’outils de partage, de surveillance et de modélisation.
Évolution du logiciel : iEnvironment++ élargira son bassin d’utilisateurs avec l’addition de nouveaux composants pour gérer les données, partager les algorithmes, contrôler la qualité, créer des cartes, administrer les flux de production et offrir des services de reproductibilité.
Analyse intégrée et rapide des maladies infectieuses (IRIDA) – piloté par William Hsiao, Université Simon Fraser et le laboratoire de santé publique des BC Centres for Disease Control (BCCDC)
Plateforme Web conviviale, répartie et ouverte de bio-informatique et d’analyse mise au point pour faciliter les enquêtes en temps réel sur les éclosions de maladies infectieuses à partir des données issues du séquençage du génome.
Évolution du logiciel : On simplifiera la configuration et l’exploitation d’IRIDA pour de nouvelles équipes en installant la plateforme dans un nuage et en compartimentant les flux de production. La nouvelle version d’IRIDA sera déployée dans un nuage et proposera un système de modules d’extension pour les flux de production. On pourra donc ajouter et retrancher des flux de production spéciaux au moyen de modules sans pour autant modifier la plateforme proprement dite.
iReceptor – piloté par Felix Breden, Université Simon Fraser
Système réparti de gestion des données et plateforme de recherche permettant d’explorer en profondeur les données séquentielles venant des réactions immunes. Ce système facilite la conception de vaccins, d’anticorps thérapeutiques et d’immunothérapies contre le cancer en créant un corpus international de données sur les séquences de gènes des anticorps et des récepteurs des lymphocytes T.
Évolution du logiciel : iReceptor intégrera deux nouveaux dépôts de données de grande taille à son corpus.
Système de surveillance de la faune Motus (Motus) – piloté par Denis Lepage, Études d’oiseaux Canada
Celle plateforme internationale de recherche collaborative recourt à des réseaux de radiotélémétrie automatiques pour suivre les déplacements des petits animaux localement, entre régions et sur les continents. Oiseaux, chauve-souris et insectes sont munis de radio-émetteurs (balises) diffusant un signal unique aux stations réceptrices automatisées plusieurs fois par minute.
Évolution du logiciel : Le projet ajoutera d’autres types de balises et de stations réceptrices pouvant faire interface avec la plateforme afin qu’un plus grand nombre de chercheurs puissent exploiter les capacités de Motus.
MSS-IMProv – piloté par David Schriemer, Université de Calgary
Cette plateforme facilite le développement d’applications de traitement des données pour les scientifiques spécialisés en bioanalyse, principalement ceux qui se servent de la spectrométrie de masse pour étudier les protéines, les médicaments et les métabolites, une activité qui appuie la recherche pure en biologie et sur les mécanisme de la maladie.
Évolution du logiciel : MSS-IMProv évoluera pour permettre le traitement des fichiers offerts par tous les grands fournisseurs de spectromètres de masse, ce qui élargira le nombre d’utilisateurs potentiels. On élaborera aussi de nouvelles fonctions pour modéliser les complexes protéiques.
ObiBa – piloté par Isabel Fortier, institut de recherche du centre de santé de l’Université McGill
Cette plateforme a été conçue et développée pour répondre aux besoins en gestion et diffusion des données des grandes études de cohorte, susceptibles de compter des milliers de participants et recueillant un énorme volume de données pendant la vie entière de ces derniers.
Évolution du logiciel : On perfectionnera OBiBa afin de mieux répondre aux besoins de la recherche clinique, dont l’infrastructure diffère de celle des études de cohorte. En effet, les études cliniques comptent souvent un plus petit nombre de participants, ce qui soulève des difficultés particulières au niveau des patients et des données qui s’y rapportent.
Analyse de puissance pour la visualisation des données climatologiques (PAVICS) Projet n° 1 – piloté par Yacine Bouroubi; Université de Sherbrooke
Plateforme dotée de processus distincts d’analyse climatique pouvant être reliés afin de créer des flux de production complexes.
Évolution du logiciel : Le premier projet modifiera la plateforme PAVICS en plateforme GeoImageNet, laquelle inclura des outils d’annotation pour les images satellite à ultra haute résolution et facilitera la détection des objets, de même que la cartographie de la couverture et de la vocation des terres par apprentissage en profondeur.
Analyse de puissance pour la visualisation des données climatologiques (PAVICS) Projet n° 2 – piloté par Richard Arsenault, École de technologie supérieure
Plateforme destinée aux scientifiques spécialisés dans les disciplines qui utilisent de plus en plus les données météorologiques et climatologiques pour leurs travaux.
Évolution du logiciel : On perfectionnera PAVICS pour faciliter la recherche en hydrologie avec l’addition d’outils employés pour analyser les bassins hydrographiques ainsi que modéliser et simuler les systèmes hydrologiques.
SeaTube/SeaScribe – piloté par Ben Biffard, Ocean Networks Canada (ONC)
SeaTube est une application au moyen de laquelle l’utilisateur peut parcourir et visionner tous les fichiers vidéo des fonds sous-marins archivés par ONC. Grâce à elle, il est possible de compulser les métadonnées et les annotations connexes. SeaScribe permettra aux experts d’ajouter des annotations en temps réel lors de l’enregistrement de la vidéo.
Évolution du logiciel : Les deux applications seront fusionnées et généralisées, et on y ajoutera de nouvelles fonctions d’après les commentaires des utilisateurs (production de rapports, affichage, détection d’événements, production participative) en vue de rendre les vidéos produites lors des expéditions terrestres, aériennes et marines plus disponibles.
Intégration de VESTA à ELAN – piloté par Gilles Boulianne, Centre de recherche informatique de Montréal (CRIM)
Plateforme de collaboration temporelle en ligne permettant d’annoter le contenu audio et vidéo utilisé pour l’enseignement.
Évolution du logiciel : ELAN est une application servant à créer des annotations complexes pour les fichiers audio et vidéo dans les domaines des sciences sociales et des lettres. Le projet intégrera ELAN et VESTA afin que ceux qui utilisent ces systèmes dans des disciplines variées aient accès aux données et aux annotations stockées localement par les utilisateurs d’ELAN grâce à l’interface Web de VESTA.
En plus de financer l’évolution des plateformes de recherche pour que plus de chercheurs puissent s’en servir, le programme Logiciels de recherche de CANARIE épouse un modèle de développement d’une grande efficacité en vertu duquel les nouveaux logiciels sont élaborés à partir d’un répertoire de logiciels existants, mis au point et offerts par d’autres chercheurs. Les équipes subventionnées ajoutent de nouveaux logiciels au répertoire, ce qui rehausse le processus et permet d’importantes économies en un cycle puissant de développement et de réutilisation des logiciels. Les chercheurs du monde entier peuvent exploiter gratuitement tous les logiciels répertoriés sur science.canarie.ca.
Renseignements
Ela Yazdani
Directrice des communications
CANARIE
ela.yazdani@canarie.ca | 613-943-5432
À propos de CANARIE – canarie.ca
CANARIE renforce le leadership du Canada en science et en technologie en exploitant une infrastructure numérique qui facilite la recherche et l’innovation de calibre mondial.
CANARIE et ses douze partenaires provinciaux et territoriaux forment le Réseau national de recherche et d’éducation du Canada, un réseau ultrarapide qui connecte les chercheurs, les enseignants et les innovateurs du pays les uns aux autres, et leur permet d’accéder à leurs homologues, aux données et aux technologies de la planète entière.
Outre son réseau, CANARIE finance et promeut la création de logiciels scientifiques réutilisables, de même que les initiatives nationales en gestion des données de recherche qui accélèrent la découverte. L’organisme dispense des services de gestion des identités aux établissements d’enseignement supérieur et propose des ressources de pointe en réseautique et en infonuagique en vue d’intensifier la commercialisation dans le secteur canadien de la technologie.
Fondé en 1993, CANARIE est une société sans but lucratif principalement financée par le gouvernement du Canada.
Pour en savoir plus, on visitera le site www.canarie.ca.
